Постоянно действующий орган (Секретариат) МКВК образован 10 октября 1993 г. решением заседания Межгосударственной Координационной Водохозяйственной Комиссии. Секретариат является постоянно действующим рабочим органом МКВК и осуществляет свою работу в соответствии с Соглашением между Республикой Казахстан, Республикой Кыргызстан, Республикой Таджикистан, Туркменистаном и Республикой Узбекистан в сфере совместного управления использованием и охраной водных ресурсов межгосударственных источников и Положением о Межгосударственной координационной водохозяйственной комиссии. Месторасположение Секретариата — город Ходжент, Таджикистан.

На Секретариат возлагается:

• организация исполнения поручений МКВК;
• подготовка совместно с БВО «Амударья» и «Сырдарья» программ, мероприятий и проектов решений на заседаниях МКВК;
• подготовка смет эксплуатационных затрат и капитального строительства для финансирования БВО «Сырдарья» и «Амударья» за счет государств — членов МКВК;
• учет и отчетность исполнения плана эксплуатационных работ и капитального строительства;
• контроль за поступлением средств из государств — участников МКВК предназначенных для БВО «Сырдарья» и «Амударья» на эксплуатационные работы, капитальное строительство, другие работы, намеченные на текущий год;
• координация международных связей.

Республика Таджикистан, г.Душанбе, ул. Шамси, 5/1
Тел. (992 37) 221-55-88
babadjanmalik@yahoo.com 
secretariat@icwc.info 
http://www.icwc-aral.uz/secretariat_ru.htm